Der Schulträger ist für den Unterhalt, die Organisation und Verwaltung der Schule sowie für die Gewährleistung ihres Bildungsziels verantwortlich (vgl. § 1 der Mitwirkung und Schulordnung des Mädchengymnasiums Jülich)
Schulträger des Mädchengymnasiums Jülich ist die Fördergemeinschaft für Schulen in freier Trägerschaft, konstituiert Anfang der 1970er Jahre in Form eines eingetragenen Vereins aus Sorge von Eltern, Lehrern und Pädagogen um eine gute christliche Erziehung.
Erster Vorsitzender war der ehemalige Oberbürgermeister von Aachen und MdE, Kurt Malangré. Sein Amt übernahm 2014 Prof. Dr. Peter Roggendorf, Aachen. Vor Ort wird der Schulträger vertreten durch die Vorstandsmitglieder Dr. Barbara Schellenberger, Benedikta Nees und Dr. Bergund Fuchs.
Die Fördergemeinschaft für Schulen in freier Trägerschaft übernahm 1972 das Mädchengymnasium Jülich/St. Josef Schule auf Bitte des damaligen Aachener Bischofs Dr. Johannes Pohlschneider. Für den Bischof war die Tatsache, dass einige Mitglieder der Fördergemeinschaft der Prälatur Opus Dei angehören, die Garantie dafür, dass die Schule im christlichen Geist fortgeführt würde. Die Prälatur Opus Dei wurde damals gebeten – soweit wie möglich – Priester für die Schulseelsorge bereit zu stellen. Mitglieder der Prälatur Opus Dei arbeiten seitdem im Schulträger und im Kollegium verantwortlich mit.
Der Schulträger erhält für die staatlich anerkannte Ersatzschule einen Landeszuschuss von 94% aller refinanzierbaren Personal- und Sachkosten (vgl. Schulgesetz des Landes NRW § 106). Die Eigenleistung des Trägers von 6% des Jahreshaushalts wird vornehmlich durch eine vertragliche Vereinbarung mit dem Bistum Aachen finanziert.
Im Rahmen des Festakts zum 50-jährigen Bestehen der Trägergemeinschaft führte das Herzogmagazin ein Interview mit Frau Dr. Schellenberger und Frau Dr. Fuchs durch, welche sowohl einen Rückblick über die letzten 50 Jahre wagten als auch über die besonderen Aufgaben und Herausforderungen sprachen.